Mata kuliah pilihan bertujuan untuk menyiapkan mahasiswa dalam bidang ilmu fisika yang diminatinya. Mata kuliah pilihan ini dapat diambil dari mata kuliah pilihan yang diselenggarakan oleh program studi Fisika atau mata kuliah yang diselenggarakan program studi lain di lingkungan Universitas Katolik Parahyangan. Mahasiswa mengambil mata kuliah pilihan berdasarkan arahan dan persetujuan dosen wali.
Berikut ini adalah mata kuliah pilihan yang telah dikelompokkan padacmasing-masing bidang konsentrasi yang terdapat di Program Studi Fisika:
Selain mata kuliah dengan bidang konsentrasi di atas, terdapat juga mata kuliah pilihan yang tidak terkait dengan bidang konsentrasi apapun, yakni:
Sebagai catatan tambahan, Proyek Bersama dan Teknik Presentasi wajib diambil oleh mahasiswa yang tidak mengambil program Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM).